签证不规范。签证工作要求业主、工程预算单位双方现场共同签字，对签证的内容也应明确以便计量，然而现场签证工作中往往存在很多问题。签证资料不全、签证内容记录不完整等，给工程预算的控制造成了一定的困难。签证工作中存在以少报多、无中生有、高估冒算等不良现象，甚至存在骗证情况，如个别人员借助行贿手段或规定的漏洞签证。监理单位对建材的验收不负责，签证资料原件保管不善，造成签证资料失真。签证中用词不严谨，表达不明确，操作性差。由于签证单中的资料记录不详细、错记漏记或者表达含糊不清，大大降低了签证的可操作性，给工程预算的控制管理造成了一定的困难。盲目签证。利用业主现场人员对工程预算规定缺乏了解，工程预算单位随意对项目进行签证，造成了签证工作的盲目性和重复性。不按实际工作量签证。有些工程预算单位为了虚增工程量，往往不按实际工作量进行签证。有些工程预算单位利用隐蔽工程签证，增加工程量，然而对于因变更而减少的工程却故意漏签或不报。签证流程存在漏洞。设计变更没有经过合约部，直接交由工程预算单位或项目部进行变更工程预算，这样做不符合签证流程，同时使工程预算管理形同虚设，导致结算时合约额的严重超支。大量的工程指令、设计变更通过工程预算单位出具的洽商形式出现，给工程预算的控制管理造成困难。
这种方法的优点是：审核后的工程预算准确度较高；缺点是：工作量大，实质是重复劳动。在投资规模较大。审核进度要求较紧的情况下，这种方法是不可取的，但建设单位为严格控制工程造价，仍常常采用这种方法。这种方法类同于全面审核法，其与全面审核法之区别仅是审核范围不同而已。该方法有侧重的，有选择的根据施工图计算部分价值较高或占投资比例较大的分项工程量。如砖石结构（基础、墙体）、钢筋混凝土结构（梁、板、柱）、木结构（门窗）、钢结构（屋架、檀条、支撑）等；而对其他价值较低或占投资比例较小的分项目工程，如普通装饰项目、零星项目（雨蓬、散水、坡道、明沟、水池、垃圾箱）等，审核者往往有意忽略不计，重点核实与上述工程量相对应的定额单价，尤其重点审核定额子自档次易混淆的单价（如构件断面、单体体积），其次是混凝土标号、砌筑、抹灰砂浆的标号核算。这种方法在审核进度较紧张的情况下，常常适用于建设单位审核施工单位的预算或施工单位审核设计单位的预算。这种方法与全面审核法比较，工作量相对减少，而取得的效果却不是很差，但仍属重复劳动由于上述两种方法类似编制工程预算，工作量大，审核周期长，预算人员在长期的工作中摸索出另一种方法，即分析对比审核法。该方法是在总结分析预结算资料的基础上，找出同类工程造价及工料消耗的规律性。结构形式不同、地区不同的工程造价、工料消耗指标。然后，根据这些指标对审核对象进行分折对比，从中找出不符合投资规律的分部分项工程，针对这些子目进行重点审核，分析其差异较大的原因。
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